Ἡ ἀποδεκατισμένη χριστιανικὴ κοινότητα τοῦ Ἡρακλείου ἀναπτύχθηκε κυρίως μετὰ τὴν περίοδο τῆς αἰγυπτιακῆς κατοχῆς (1830-1840) καὶ μετὰ τὶς παραχωρήσεις τοῦ Χάττι Χουμαγιούν τὸ 1856. Δύο χρόνια ἀργότερα, τὸ 1858, ὁ Σουλτάνος παραχώρησε στὴν Κρήτη θρησκευτικά, διοικητικά, φορολογικὰ καὶ δικαστικὰ προνόμια. Αὐτὸ τὸ γεγονὸς τῶν προνομίων, ἡ συνεχὴς αὔξηση τοῦ πληθησμοῦ, τοῦ ὁποίου τὴ θρησκευτικὴ ζωὴ δὲν μποροῦσε νὰ ἐξυπηρετήσει πιὰ ὁ μικρὸς ναὸς τοῦ Ἁγίου Μηνᾶ, καὶ ὁ καταστροφικὸς σεισμὸς τοῦ 1856 ἔκαναν ἐπιτακτικὴ τὴν ἀνάγκη ἀνέγερσης νέου μεγάλου μητροπολιτικοῦ ναοῦ. Πρὶν ἀπὸ ὅλα αὐτά, τὸ θαῦμα τοῦ 1826 ἔπαιξε τὸν πιὸ καθοριστικὸ ρόλο γιὰ τὴν οἰκοδόμηση τοῦ νέου ναοῦ ὡς ἔκφραση εὐχαριστίας πρὸς τὸν προστάτη ἅγιο Μηνᾶ. Οἱ χριστιανοὶ τοῦ Χάνδακα ζήτησαν ἀπὸ τὸν Ὀθωμανὸ πασᾶ τὴν παραχώρηση παρακείμενου κήπου γιὰ τὴν ἐπέκταση τοῦ ναοῦ ποὺ ἦταν ἑτοιμόρροπος καὶ μικρός. Ὅμως ἡ όθωμανικὴ διοίκηση ἀπέρριψε τὸ αἴτημά τους καὶ παραχώρησε μόνο τὴν ἄδεια στερέωσης καὶ ἀποκατάστασης τοῦ ὑπάρχοντος ναοῦ.
Τὸ ὅραμα τῶν ὀρθοδόξων χριστιανῶν πραγματοποίησε ὁ Μητροπολίτης Κρήτης Διονύσιος Χαριτωνίδης (1858-1868), ὁ μετέπειτα Οἰκουμενικὸς Πατριάρχης Κωνσταντινούπολης (1881-1891). Στὶς 11 Νοεμβρίου 1861 συγκρότησε μεγάλη συνέλευση καὶ ἀνακοίνωσε ἐπίσημα τὴν πρότασὴ του, ἡ ὁποία ἔγινε δεκτὴ μὲ ἐνθουσιασμό. Ἀνοίχτηκε κατάλογος συνδρομητῶν καὶ ὁρίστηκε Ἐπιτροπὴ Ἀνέγερσης τοῦ ναοῦ ἀπὸ ἐξέχοντα πρόσωπα τοῦ Ἡρακλείου. Παράλληλα, ἐξασφαλίστηκε ὁ χῶρος ἀνέγερσης τοῦ νέου ναοῦ καὶ ἐπιλέχθηκε ὡς ὁ πιὸ κατάλληλος ἐρχιτέκτονας γιὰ τὴν ἐκπόνηση τοῦ ἔργου ὁ Ἀθανάσιος Μούσης ἀπὸ τὴν Ἤπειρο ποὺ δραστηριοποιοῦνταν στὴν Κωνσταντινούπολη. Ὁ Ἀθανάσιος Μούσης ἔφτασε ἀπὸ τὴν Κωνσταντινούπολη στὸ Ἡράκλειο στὶς 19 Μαρτίου 1862 μὲ τὰ σχέδια τοῦ νέου ναοῦ ποὺ ἐγκρίθηκαν ὁμόφωνα ἀπὸ τὴν Ἐπιτροπὴ στὶς 20 Μαρτίου 1862 καὶ οἱ ἐργασίες ἄρχισαν ἀμέσως. Ὁ θεμέλιος λίθος τοποθετήθηκε στὶς 25 Μαρτίου 1862. Ἡ κολοσσιαία δαπάνη τῆς ἀνέγερσης ἐνισχύθηκε σημαντικὰ ἀπὸ τοὺς πιστοὺς, τοὺς ναοὺς καὶ τὰ μοναστήρια τῆς Κρήτης. Ἀξιοσημείωτο εἶναι τὸ γεγονὸς ὅτι ὁ Σουλτάνος Ἀμπτοὺλ Ἀζὶζ Χὰν ἔθεσε τὸ ἔργο ὑπὸ τὴν προστασία του καὶ χορήγησε μεγάλο χρηματικὸ ποσό.
Ἡ μεγάλη Κρητικὴ Ἐπανάσταση τοῦ 1866–1869 εἶχε ὡς συνέπεια τὴ διακοπὴ τῶν ἐργασιῶν. Μετά τὴν ἐπανάσταση τοῦ 1878 καὶ τὴν ὑπογραφὴ τῆς Σύμβασης τῆς Χαλέπας, ἡ ὁποία παραχώρησε νέα προνόμια, οἱ συνθῆκες ἔγιναν πιὸ εὐνοϊκές. Ὁ Μητροπολίτης Κρήτης Τιμόθεος Καστρινογιαννάκης (1882 – 1897) πρωτοστάτησε στὴ συνέχιση τῶν οἰκοδομικῶν ἐργασιῶν ποὺ ἄρχισαν ξανὰ τὸν Ἰανουάριο τοῦ 1883. Παρὰ τὶς δυσκολίες ποὺ προέκυπταν, οἱ ἐργασίες προχωροῦσαν χωρὶς διακοπή. Τὸ ἔργο ὁλοκληρώθηκε στὶς ἀρχές τοῦ 1895. Ἡ τελετὴ τῶν ἐγκαινίων στὶς 16 Ἀπριλίου 1895 ἦταν τὸ λαμπρότερο γεγονὸς στὴν ἱστορία τῆς Κρήτης κατὰ τὴν ὀθωμανικὴ περίοδο καὶ προσέλαβε χαρακτήρα πάνδημου ἑορτασμοῦ. Ὁ ναὸς ἀφιερώθηκε στὸν Ἅγιο Μηνᾶ (κεντρικὸ κλίτος), στὸν Ἀπόστολο Τίτο (νότιο κλίτος) καὶ στοὺς Ἁγίους Δέκα μάρτυρες τῆς Κρήτης (βόρειο κλίτος).
Ὁ ναὸς, μὲ μνημειακὲς διαστάσεις (43μ. μῆκος, 30μ. πλάτος, 33μ. ὕψος), διατηρεῖ τὴν ἀρχικὴ του ἀρχιτεκτονικὴ μορφή. Συνδυάζει στοιχεῖα σταυροειδοῦς έγγεγραμμένου μὲ τροῦλλο ἐξωτερικὰ καὶ τρίκλιτης βασιλικῆς μὲ πειόσχημο ὑπερῶο ἐσωτερικά. Δύο κωδωνοστάσια ὑψώνονται στὴν ἀνατολικὴ πλευρὰ του. Τὰ ἀρχιτεκτονικὰ μέλη διακοσμοῦνται μὲ κλασικοῦ, ἀναγεννησιακοῦ, ἰσλαμικοῦ, ἀνατολίτικου καὶ νεοκλασικοῦ τύπου στοιχεῖα. Ἀρχιτεκτονικὰ πρότυπὰ του εἶναι μνημεῖα τῆς Κωνσταντινούπολης καὶ τῆς Ἀθήνας. Στὸ ἐσωτερικὸ τὰ παλαιότερα ξύλινα στοιχεῖα τοῦ τέμπλου καὶ τοῦ ἐπισκοπικοῦ θρόνου ἀντικαταστάθηκαν ἀπὸ μαρμάρινα ποὺ σχεδίασε ὁ ἀρχιτέκτονας καὶ ἀρχαιολόγος Ἀναστάσιος Ὀρλάνδος (1927-1930). Ἤδη τὸ 1920 εἶχε προστεθεῖ ὁ μαρμάρινος ἄμβωνας. Οἱ τοιχογραφίες τοῦ ναοῦ ἔγιναν τὴ δεκαετία τοῦ ΄60 ἀπὸ τὸν ἁγιογράφο Στυλιανὸ Καρτάκη.
Κάθε χρόνο στὶς 11 Νοεμβρίου, ἡμέρα ἑορτῆς τοῦ Ἁγίου Μηνᾶ, ἐκτίθεται σὲ προσκύνηση τὸ ἱερὸ λείψανὸ του καὶ τελεῖται στὴ μνήμη του Ἀρχιερατικὸ Συλλείτουργο τῶν Ἀρχιερέων τῆς Ἱερᾶς Ἐπαρχιακῆς Συνόδου τῆς Ἐκκλησίας τῆς Κρήτης.
